東南大學(xué)醫(yī)學(xué)院位于風(fēng)景秀麗的南京市玄武湖畔，高校群集的市中心。醫(yī)學(xué)院前身為創(chuàng)建于1935年的中央大學(xué)醫(yī)學(xué)院，其后又歷經(jīng)南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院、中國人民解放軍第五軍醫(yī)大學(xué)、南京鐵道醫(yī)學(xué)院等重要時(shí)期。
2012年，該院獲批為全國第一批卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃項(xiàng)目試點(diǎn)高校，承擔(dān)了拔尖創(chuàng)新醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)模式改革試點(diǎn)和五年制臨床醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)模式改革試點(diǎn)兩個(gè)項(xiàng)目。
東南大學(xué)醫(yī)學(xué)院設(shè)有兩個(gè)系，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系設(shè)有生物工程學(xué)、病原生物學(xué)與免疫學(xué)、遺傳學(xué)與發(fā)育生物學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、病理學(xué)與病理生理學(xué)、人體結(jié)構(gòu)學(xué)與神經(jīng)科學(xué)、生理學(xué)與藥理學(xué)等專業(yè)；臨床醫(yī)學(xué)系設(shè)有內(nèi)科學(xué)、外科學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、兒科學(xué)、護(hù)理學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)學(xué)、醫(yī)學(xué)影像學(xué)、神經(jīng)精神病學(xué)，腫瘤學(xué)、重癥醫(yī)學(xué)等臨專業(yè)；數(shù)十個(gè)教研室。