學校創(chuàng)建于1934年，時名江蘇省立醫(yī)政學院。1957年，由鎮(zhèn)江遷至南京，更名為南京醫(yī)學院。1962年，被列為全國首批六年制醫(yī)藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫(yī)科大學。
學校建有江寧校區(qū)、五臺校區(qū)以及康達學院連云港校區(qū)；設有19個學院（包含康達學院），開設25個本科專業(yè)；擁有25所附屬醫(yī)院和50多所教學醫(yī)院；擁有一級學科博士點8個、二級學科博士點54個、4個交叉學科博士點；一級學科碩士點11個；博士后科研流動站6個；有在職教職工1800多人，學生總數(shù)為1.8萬多人。