學校2007年由濟南市歷下區(qū)主體遷入扁鵲故里--長清，現(xiàn)在學校三校區(qū)（含青島中醫(yī)藥科學院）辦學，總占地2039畝，建筑面積56萬平方米。全日制在校生23000余人，其中研究生近4200人。學校圖書館館藏圖書205萬冊、電子圖書77余萬冊、古籍善本近3萬冊，為山東省古籍重點保護單位。
學校設置17個教學機構、5個科研機構、4個教輔機構，有山東中醫(yī)藥大學附屬醫(yī)院、山東中醫(yī)藥大學第二附屬醫(yī)院、山東中醫(yī)藥大學附屬眼科醫(yī)院3所直屬附屬醫(yī)院、20所非直屬附屬醫(yī)院、23所教學醫(yī)院，其他類實踐教學基地100余處。
現(xiàn)有10家山東省研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、18家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，1個國家級實驗教學示范中心、1個國家級大學生校外實踐教育基地。