學(xué)校2007年由濟(jì)南市歷下區(qū)主體遷入扁鵲故里--長(zhǎng)清，現(xiàn)在學(xué)校三校區(qū)（含青島中醫(yī)藥科學(xué)院）辦學(xué)，總占地2039畝，建筑面積56萬(wàn)平方米。全日制在校生23000余人，其中研究生近4200人。學(xué)校圖書館館藏圖書205萬(wàn)冊(cè)、電子圖書77余萬(wàn)冊(cè)、古籍善本近3萬(wàn)冊(cè)，為山東省古籍重點(diǎn)保護(hù)單位。
學(xué)校設(shè)置17個(gè)教學(xué)機(jī)構(gòu)、5個(gè)科研機(jī)構(gòu)、4個(gè)教輔機(jī)構(gòu)，有山東中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院、山東中醫(yī)藥大學(xué)第二附屬醫(yī)院、山東中醫(yī)藥大學(xué)附屬眼科醫(yī)院3所直屬附屬醫(yī)院、20所非直屬附屬醫(yī)院、23所教學(xué)醫(yī)院，其他類實(shí)踐教學(xué)基地100余處。
現(xiàn)有10家山東省研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、18家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地，1個(gè)國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、1個(gè)國(guó)家級(jí)大學(xué)生校外實(shí)踐教育基地。