學(xué)校創(chuàng)建于1958年7月，由原上海第二醫(yī)學(xué)院分遷和安徽醫(yī)學(xué)院援建而成，1968年改稱蚌埠反修醫(yī)學(xué)院，1970年9月，與安徽醫(yī)學(xué)院合并，改名為安徽醫(yī)學(xué)院蚌埠分院，1974年6月，恢復(fù)稱蚌埠醫(yī)學(xué)院。
截至2018年9月，學(xué)校有龍子湖校區(qū)、治淮校區(qū)、宏業(yè)校區(qū)和淮上校區(qū)4個(gè)校區(qū)，占地面積 1580 余畝，總建筑面積達(dá) 46.37 萬平方米。有全日制本科在校生 13044名，碩士研究生1058 名，其中外國(guó)留學(xué)研究生7名。學(xué)校現(xiàn)有6個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)和5個(gè)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)類別，36個(gè)二級(jí)學(xué)科授權(quán)點(diǎn)，臨床醫(yī)學(xué)學(xué)科進(jìn)入美國(guó)基本科學(xué)指標(biāo)（ESI）全球排名前 1%。