1985年，南京農業大學就開始招收金融學專業的本科生。1998年，南京農業大學獲得金融學碩士學位授予權。2002年，南京農業大學開始招收農村金融專業博士生。2010年，南京農業大學獲得金融學博士學位授權點。
2006年金融學專業列為江蘇省品牌專業，2010年會計學專業列為江蘇省特色專業，2012年金融學專業和會計學專業又成為江蘇省重點建設專業，2019年金融學專業入選首批國家級一流本科專業建設點。
金融學院目前擁有金融學博士、金融學碩士、會計學碩士、金融碩士（MF）、會計碩士（MPAcc）等多層次的研究生培養體系，曾為中國農業銀行總行、中國人民銀行南京分行等舉辦金融學碩士班，為政府有關部門、銀行、保險公司、證券公司、會計師事務所等培養了眾多高層次的'金融、會計和審計方面的專業人才。